Да, для стационаров нужно ставить дополнительные цели.
Те специализированные отделения, при которых открыты кабинеты "ДС", могут включать в планируемое исследование больных, присланных на амбулаторную консультиацию.
Те же отделения, где таких консультативных кабинетов нет, могут ставить дополнительные цели исследования, и Вам, коллеги, их предстоит формулировать

Например, какими путями они к вам попадают (экстренно, планово, по чьим направлениям, КДС и не только), где и как долго лечатся до этого.
Но чтобы наше исследование не распалось на 2 отдельных (амбулаторное и стационарное), предлагаю основную часть собираемых данных (где характеристики пациента) не менять, а сделать лишь в соответствии с вышесказанным 2 версии "шапки" (амб и стац).